担任政府法律顾问的律师赢得了不合理案件的诉讼该怎么处理

不需要处理。法律面前人人平等，司法公正是国家的底线。法官只凭证据和法律规定作出裁判，与谁是当事人的代理人无关，政府的法律顾问作为代理人也不例外。如果对方当事人觉得判决不公，可以依法提出上诉。