政府部门通过国企采购合法吗

不合法。根据查询找法网显示，国企采购不适用于政府采购法。国有企业、国有控股企业之所以在政府采购法立法时没有纳入调整范围，是考虑到国有企业面广量大，在国民经济中地位重要，为保证国有企业经营自主权的落实，并未纳入。