合伙开店，其中一人管理，一年后说账本丢了，没赚没赔，实际是盈利了，这构成侵占罪么？如何通过法律程序

这种情况很常见。不构成侵占罪。

这只是一般的民事纠纷，而且是很难处理，没有任何单位能够处理的纠纷。

两个人合伙开店，账不算清，双方都有收入和支出。只要一方不配合，就无法清算，所以，即使起诉到法院，法院都不会立案受理的。即使受理，也会驳回诉讼请求的。