1、我该起诉深圳公司还是检察院？2、起诉深圳公司没有付款手续咋办？3、诉讼时效怎么算？

你好！

1、检察院无权处理民事纠纷。你应该到上级检察院投诉。

2、起诉可以写好起诉书准备好证据到法院起诉就行了。最好委托律师办理。

3、诉讼时效是自知道之日起两年内。你的情况有点麻烦。