公司在上海有几千家门店,调动的店铺横跨了4个区域合理吗

不违法，但需要办理分支机构注册登记。

跨区经营，属于异地经营，即公司注册登记地和实际经营地不一致。 企业异地经营，企业实际经营活动不在注册地，注册地管理部门无法实际行使管理职权，而实际经营地管理部门不是其法律所属管理机关，存在两头管理不便的问题，因此我国法律法规是禁止企业异地从事经营活动的。 因此，如果企业在异地固定经营场所从事持续性经营活动，没有办理分支机构注册登记，是可能存在法律风险的，应该去工商管理登记机构进行子公司或者分公司的经营登记。