使用笔记软件或者微信上传公司非保密文件，这个有法律风险吗?

没有。

只要不是公司秘密，就不会构成违法行为。

使用微信办公作为一种技术进步和发展趋势，本来无可厚非，问题并不在于微信本身，微信办公导致泄密的真正原因还是机关单位保密管理松懈。机关、单位要加强保密宣传教育，把风险意识和责任意识层层传导到每一个人。原则上不提倡使用微信办公。禁止涉密人员使用微信办公。将涉密载体全过程管理与智能手机使用保密管理结合起来，从源头上消除涉密文件数字化的隐患。