房产证名字是我的，但是写了一个协议说归属权是我爸爸的，这个协议有法律作用吗？

没啥用这协议。

住房产权属于谁，就是看房产登记人是谁，这房子登记人是你，就属于你合法拥有的财产，产权权益是你的，受法律保护。如果一张纸就能改变住房产权人是谁，请问还要房管部门做啥?还要房产证作甚？想改变产权人，只有你爹和你去房管办理过户手续，重新办理他姓名房产证才可以。

你爹现在有出资证明，证明他实际出资买下住房，那个只能属于他对你的债权，可以主张，法律是支持的。

说白了，房子产权属于你所有，但是你欠你爹钱。