章程条款与《公司法》规定发生冲突时，其效力如何认定？

一般情况下以公司章程的规定为准。发起人协议或增资入股协议与公司章程虽然在内容上有吸收和继承关系，但是两者在制定时间上有前后的差别。

发起人协议、增资入股协议签订在前，公司章程制定在后。如果发起人协议或者增资入股协议与公司章程就相同事项约定不一致，应认为是发起人、投资人以新的意思表示变更了原来的意思表示。

所以，应当以公司章程的规定为准。但是当有充分证据证明发起人协议或者增资入股协议才是当事人的真实意思表示时，应以发起人协议或者增资入股协议为准。