法律基础分析9

法院应当判决乙公司支付20万元货款。

本案乙公司未能在合理期限三个月内提出质量问题，应视为设备无质量问题，应当支付所欠货款，但双方在其后三年未进行交涉，已过诉讼时效，根据《民法通则》第135条规定的：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为二年，法律另有规定的除外。”由于双方在诉讼时效已过后自愿达成协议，不受诉讼时效的限制。因此法院应当判决乙公司支付20万元货款。