请问我国出台的所有法律法规、规章制度都是由制定部门颁布吗？

这看你怎么理解“制定”，如果把“制定”理解为“立法”的话，那就应该是你说的那样了，只是不同的机关颁布的法律（广义）的效力层次不同；若把“制定”理解为起草法律文件就不是了，比如《物权法》是由国务院起草的，但《物权法》是基本法律，只能由全国人大行使该法的立法权，《物权法》的颁布是由全国人大表决通过，再有国家主席以主席令的形式颁布的。

若有兴趣，可以找《法理学》看一下，这个问题是这门学科的研究对象之一。