招标代理机构可以就质疑回复找质疑供应商商量吗？

不合法。不要被代理公司牵着鼻子走。你就告诉代理公司，3日内要给你正式答复，带公章那种并且必须是招标人盖章，招标代理公司盖章没用，如果没有答复或者未按期答复，你就找上级主管部门。主管部门3个工作日决定是否受理，受理后30个工作日给你答复。就你这种情况不需理会他。他们懂招标投标法，也懂招标投标法实施条例。