企业不违法，但是违反条例，会被处罚吗？

对于企业的规定或执行的制度与法律法制、政府强制性规定、行业行政管理政策相违背的，一般是强制性纠正，对于纠正后乃不执行的才会进行处罚或者行政处理。你说的不执行地方法规，侵犯劳动者权益的，适格于纠正（支持劳动者诉求），一般不会予以处罚或者行政处理。