美国的军事法庭在行政关系上是隶属于司法部还是军部？

属于美国军方。

美国总统签署命令，授权美军方成立特别军事法庭，代替民事法庭审理制造9·11事件和其他恐怖事件的外国恐怖分子嫌疑人。此举在一向崇尚民主和法制的美国人中引起了强烈反响。

美国此次提出的“特别军事法庭”同普通的民事法庭和传统军事法庭都有些不同。“特别军事法庭”不需要陪审团、没有公众旁听、不需要出示必要的证据。参加判决的多为军方官员，只要2/3的军官认定被告有罪，判决就成立。整个审判过程都是秘密进行的，被告甚至没有上诉的机会（二战时的军事法庭允许被告上诉）。