两个中国大陆公司约定管辖在台湾有效吗

可以。依据《涉外民事法律适用法》第四十一条：当事人可以协议选择合同适用的法律。当事人没有选择的，适用履行义务最能体现该合同特征的一方当事人经常居所地法律或者其他与该合同有最密切联系的法律。除此之外也没有违反《合同法》的禁止性规定。合同充分尊重双方的意思自治和协商。