企业内部双方调解有法律效应吗？

有。

《企业劳动争议协商调解规定》第11条第1款明确规定：和解协议对双方当事人具有约束力，当事人应当履行。

虽然《劳动争议调解仲裁法》和《企业劳动争议协商调解规定》均规定：当事人达成和解协议后，一方当事人在约定期限内不履行的，可以申请调解或者仲裁，但这并不代表协商达成的和解协议对双方没有约束力。