政府采购中投诉函由招标代理机构答复吗

是的。

根据查询相关信息显示，只要提交的投诉函符合法律要求，都应予以回复，也可以由招标代理机构回复。

《政府采购质疑和投诉办法》第十三条，采购人、采购代理机构不得拒收质疑供应商在法定质疑期内发出的投诉函，应当在收到质疑函后7个工作日内作出答复。