拆迁协议甲方是城中村改造指挥部有没有法律效力

从法律规定来说：市、县级人民政府确定的房屋征收部门（以下称房屋征收部门）组织实施本行政区域的房屋征收与补偿工作。这里的房屋征收部门，应当是能独立承担责任的主体，而“指挥部”只是一个根据项目设立的临时机构，一般是项目结束，“指挥部”就解散了。从这个角度来看，协议中其作为主体一方，是有瑕疵的。但是在法律操作实务中，如果单单以签订协议的主体不适格，来认定协议无效的话，还是有难度的。所以，建议，认为协议有效。