擅自改变房屋用途由哪个部门管理

法律分析：依据我国相关法律的规定，市县级政府加强对经适房的查处，擅自改变经济适用住房或集资合作建房用地性质的，由国土资源主管部门按有关规定处罚。市、县人民政府及其有关部门应当加强对经济适用住房建设、交易中违纪违法行为的查处。

法律依据：《经济适用住房管理办法》第二条 本办法所称经济适用住房，是指政府提供政策优惠，限定套型面积和销售价格，按照合理标准建设，面向城市低收入住房困难家庭供应，具有保障性质的政策性住房。本办法所称城市低收入住房困难家庭，是指城市和县人民政府所在地镇的范围内，家庭收入、住房状况等符合市、县人民政府规定条件的家庭。

第四十二条 市、县人民政府及其有关部门应当加强对经济适用住房建设、交易中违纪违法行为的查处。(一)擅自改变经济适用住房或集资合作建房用地性质的，由国土资源主管部门按有关规定处罚。(二)擅自提高经济适用住房或集资合作建房销售价格等价格违法行为的，由价格主管部门依法进行处罚。(三)未取得资格的家庭购买经济适用住房或参加集资合作建房的，其所购买或集资建设的住房由经济适用住房主管部门限期按原价格并考虑折旧等因素作价收购;不能收购的，由经济适用住房主管部门责成其补缴经济适用住房或单位集资合作建房与同地段同类普通商品住房价格差，并对相关责任单位和责任人依法予以处罚。