交通运输局执法大队扣有道路运输证的车是否合法

合法。根据查询中国法律服务网显示。符合道路交通安全法规定的情形时，交警有权扣留当事人的机动车。公安机关交通管理部门扣留机动车、非机动车，应当当场出具凭证。有道路运输证的车也属于机动车，被扣后规定期限内到公安机关交通管理部门接受处理即可。所以交通运输局执法大队扣有道路运输证的车是合法的。