公司转让中的债权债务纠纷如何处理债务纠纷协议 公司转让中的债权债务纠纷,按转让协议进行处理。一般情况下,转让协议只在出让人和受让人之间有效。如公司转让已经通过公司债务人的,对公司债务人有效。公司转让经公司债权人同意的,对公司债权人有效。